Nghiên cứu cơ bản về Phật giáo ở Việt Nam từ khi du nhập cho đến nay, đặc biệt là từ thế kỷ 20 cho đến hiện tại; Thực hiện nghiên cứu so sánh với Phật giáo khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về Phật giáo.

Tạp chí Nghiên cứu Tôn giáo (tiếng Việt) và Religious Studies Review (bản in và mới đây là phiên bản điện tử tiếng Anh) là cơ quan ngôn luận khoa học của Viện Nghiên cứu Tôn giáo, đồng thời là diễn đàn khoa học của giới nghiên cứu tôn giáo học trong nước và quốc tế.

Nghiên cứu Lịch sử Kitô giáo thế giới và Việt Nam. Nghiên cứu các vấn đề lý luận về Kitô giáo. Nghiên cứu văn hóa Kitô giáo. Nghiên cứu các vấn đề đương đại của Kitô giáo và Kitô giáo Việt Nam

Là đầu mối quan hệ giữa các phòng, trung tâm trong cơ quan với lãnh đạo Viện. Tham mưu, giúp việc cho Viện trưởng về tổ chức, quản lý, điều hành công việc cơ quan; phục vụ các phòng, trung tâm nghiên cứu thuận lợi và hiệu quả.

- Nghiên cứu lịch sử hình thành, phát triển, đặc trưng, chức năng và nhiệm vụ của ngành Tôn giáo học; - Nghiên cứu các quan điểm lý thuyết và phương pháp luận cơ bản của ngành Tôn giáo học; - Xây dựng, quy chuẩn hóa hệ thống khái niệm, phạm trù, phương pháp luận của ngành Tôn giáo học mang đặc thù Việt Nam. - Nghiên cứu các hệ lý thuyết và cách tiếp cận của Nhân học văn hóa về tôn giáo; Xã hội học về tôn giáo; Hiện tượng học về tôn giáo; Tâm lý học về tôn giáo, Sinh thái học về tôn giáo, v.v..

Nghiên cứu cơ bản về Islam và các tôn giáo khác; Thực hiện nghiên cứu so sánh với khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về Islam và các tôn giáo khác

Nghiên cứu tín ngưỡng ở Việt Nam (nguồn gốc, phân bố, đặc điểm, biến đổi, v.v..); Tiến hành nghiên cứu so sánh tín ngưỡng ở Việt Nam; giữa các loại hình tín ngưỡng với nhau và so sánh với tình hình trong khu vực và thế giới;

Theo QĐ số: 1056/QĐ-KHXH-TC ngày 28/07/2021 của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu Tôn giáo. Viện Nghiên cứu tôn giáo có chức năng và nhiệm vụ sau đây