- Chuyển dịch, tập hợp, và chia sẻ hệ lý thuyết và bộ công cụ nghiên cứu tôn giáo;
- Nghiên cứu và xây dựng luận cứ khoa học nhằm lý giải khách quan về nguồn gốc, bản chất, chức năng và biểu hiện thực tế của tôn giáo ở Việt Nam;
- Nghiên cứu và đánh giá thực tiễn đời sống tôn giáo Việt Nam trong bối cảnh đa dạng tôn giáo và toàn cầu hóa;
- Luận giải và dự báo những vấn đề nảy sinh trong sự tương tác thực tế giữa các tôn giáo, giữa tôn giáo với các lĩnh vực thế tục (chính trị, kinh tế, giáo dục, luật pháp, v.v…)
- Nghiên cứu các quan điểm, chính sách và luật của Đảng và Nhà nước Việt Nam, tư tưởng của Chủ nghĩa Mác-Lênin và Hồ Chí Minh về tôn giáo;
- Nghiên cứu chính sách và luật pháp về tôn giáo ở các quốc gia và tổ chức liên quốc gia trên thế giới;
- Nghiên cứu lịch sử và rút ra các bài học từ chính sách, luật pháp và thực thi luật pháp về tôn giáo và tín ngưỡng qua các triều đại ở Việt Nam;
- Nghiên cứu thực tiễn sau Đổi mới về chính sách, luật pháp và thực thi luật pháp về tôn giáo ở Việt Nam;
- Đề xuất các khuyến nghị về chính sách, luật pháp và thực thi luật pháp đối với tôn giáo ở Việt Nam;
- Thực hiện các nhiệm vụ khác do Lãnh đạo viện phân công.