- Nghiên cứu cơ sở lý luận trong việc hình thành và hoàn thiện chính sách, pháp luật về tôn giáo; - Nghiên cứu cơ sở lý luận của Đảng và Nhà nước, đánh giá tác động, hiệu quả thực tiễn của các chính sách, pháp luật của Đảng và Nhà nước về tôn giáo; - Nghiên cứu chính sách, pháp luật về tôn giáo ở các nước trên thế giới, rút ra những bài học kinh nghiệm cho Việt Nam; - Nghiên cứu các vấn đề lý luận cơ bản về tín ngưỡng, tôn giáo; Nghiên cứu đường lối, chiến lược và chính sách về tín ngưỡng, tôn giáo của Đảng, Nhà nước; Xây dựng phương pháp luận tôn giáo học đáp ứng nhu cầu nghiên cứu và phân tích đối tượng chuyên biệt.

Tạp chí Nghiên cứu Tôn giáo (tiếng Việt) và Religious Studies Review (bản in và mới đây là phiên bản điện tử tiếng Anh) là cơ quan ngôn luận khoa học của Viện Nghiên cứu Tôn giáo, đồng thời là diễn đàn khoa học của giới nghiên cứu tôn giáo học trong nước và quốc tế.

- Tổ chức xây dựng, quản lý và kiểm tra thực hiện các đề tài, kế hoạch, chương trình hằng năm, năm năm và mười năm của Viện; tổng hợp báo cáo công tác chung theo yêu cầu của Viện và của các cơ quan quản lý Nhà nước; đầu mối theo dõi và phối hợp với các phòng, trung tâm chuyên môn, nghiệp vụ của Viện để xử lý các vấn đề liên quan; tổ chức hội đồng xét duyệt các thuyết minh đề tài nghiên cứu; quản lý và tổ chức hội đồng thẩm định, nghiệm thu kết quả của các đề tài khoa học. - Là thư viện chuyên ngành, đối tượng phục vụ chủ yếu là cán bộ nghiên cứu và giảng dạy, cán bộ quản lý, nghiên cứu sinh, sinh viên chuyên ngành tôn giáo học, nhân học, sử học, văn hóa học... trong và ngoài Viện.

Là đầu mối quan hệ giữa các phòng, trung tâm trong cơ quan với lãnh đạo Viện. Tham mưu, giúp việc cho Viện trưởng về tổ chức, quản lý, điều hành công việc cơ quan; phục vụ các phòng, trung tâm nghiên cứu thuận lợi và hiệu quả.

Nghiên cứu cơ bản về Tin lành,ở Việt Nam; Thực hiện nghiên cứu so sánh với Tin lành ở khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về Tin lành

Nghiên cứu cơ bản về Islam và các tôn giáo khác; Thực hiện nghiên cứu so sánh với khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về Islam và các tôn giáo khác

Nghiên cứu cơ bản về Công giáo ở Việt Nam; Thực hiện nghiên cứu so sánh với Công giáo ở khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về Công giáo

Nghiên cứu cơ bản về tín ngưỡng thờ cúng tổ tiên, thờ Mẫu, Cao Đài, Phật giáo Hòa Hảo, Nho giáo, Đạo giáo, Tịnh Độ Cư sĩ Phật hội Việt Nam, Tứ Ân Hiếu Nghĩa, Bửu Sơn Kỳ Hương...; Thực hiện nghiên cứu so sánh với tình hình tín ngưỡng, tôn giáo trong khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về tín ngưỡng, tôn giáo bản địa.

Nghiên cứu cơ bản về Phật giáo ở Việt Nam từ khi du nhập cho đến nay, đặc biệt là từ thế kỷ 20 cho đến hiện tại; Thực hiện nghiên cứu so sánh với Phật giáo khu vực và thế giới; Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc dự báo trung hạn và dài hạn về Phật giáo.

Theo QĐ số: 27/QĐ-KHXH-TC ngày 08/01/2018 của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu Tôn giáo. Viện Nghiên cứu tôn giáo có chức năng và nhiệm vụ sau đây