Trải qua 30 năm xây dựng và phát triển, Viện Nghiên cứu Tôn giáo đã đạt được nhiều thành tựu trên các lĩnh vực công tác như nghiên cứu khoa học, giảng dạy, đào tạo sau đại học, xuất bản, tạp chí, v.v.. Với những thành tựu đạt được, Viện Nghiên cứu Tôn giáo đã nhận được nhiều phần thưởng cao quý như: Huân chương Lao động Hạng Ba (2001), Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ (2010), Huân chương Lao động Hạng Nhì (2011), Cờ thi đua của Thủ tướng Chính phủ (2011), v.v…