Kể từ khi được Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo giao nhiệm vụ đào tạo tiến sĩ chuyên ngành Tôn giáo học theo Quyết định số 1468/QĐ-BDG&ĐT-SĐH ngày 26/3/2001, đến nay cơ sở đào tạo của Viện Nghiên cứu Tôn giáo đã tuyển được 10 khóa nghiên cứu sinh và đào tạo được 20 tiến sĩ chuyên ngành Tôn giáo học. Từ năm 2010, cơ sở đào tạo của Viện chuyển thành Khoa Tôn giáo học, trực thuộc Học viện Khoa học Xã hội, Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.